a.    Sekretariat Daerah Tipe A, terdiri dari:

           1.    Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat, mengoordinir:

a)    Biro Pemerintahan dan Otonomi Daerah

b)    Biro Kesejahteraan Rakyat

c)    Biro Hukum

            2.    Asisten Perekonomian dan Pembangunan, mengoordinir:

a)    Biro Perekonomian

b)    Biro Pengadaan Barang dan Jasa

c)    Biro Administrasi Pembangunan

           3.    Asisten Administrasi Umum, mengoordinir:

a)      Biro Organisasi

b)      Biro Umum

c)      Biro Administrasi Pimpinan

b.    Sekretariat DPRD tipe C

c.     Inspektorat Tipe B

d.    Dinas Daerah terdiri dari:

1.    Dinas Pendidikan dan Kebudayaan tipe A

a.      Satuan Pendidikan SMA, SMK, SLB

b.      Cabang Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Wilayah Kota Tarakan Kelas A

c.      Cabang Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Wilayah Kabupaten Malinau Kelas A

d.      Cabang Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Wilayah Kabupaten Nunukan Kelas A

e.      UPTD Teknologi Informasi dan Komunikasi Pendidikan Kelas A

f.       UPTD Taman Budaya kelas B

2.    Dinas Kesehatan tipe B

a.      UPTD Instalasi Farmasi Kelas B

3.    Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan dan Kawasan Permukiman tipe A

4.    Satuan Polisi Pamong Praja tipe B

5.    Dinas Sosial tipe A

a.      UPT Panti Sosial Trisna Wrdha Marga Rahayu Kelas A

6.    Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana tipe A

a.      UPTD Perlindungan Perempuan dan Anak Kelas A

7.    Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan tipe A

a.      UPTD Laboratorium Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner Kelas B

8.    Dinas Lingkungan Hidup tipe B

a.      UPTD Laboratorium Lingkungan Hidup Kelas B

9.    Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil tipe C

10.  Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa tipe A

11.  Dinas Perhubungan tipe B

a.      UPTD Pelabuhan Tengkayu I Tarakan Kelas A

b.      UPTD Pelabuhan Liem Hie Djung Nunukan Kelas A

12.  Dinas Komunikasi, Informatika, Statistik dan Persandian tipe A

13.  Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu tipe A

14.  Dinas Pemuda dan Olahraga tipe A

15.  Dinas Perpustakaan dan Kearsipan tipe B

16.  Dinas Kelautan dan Perikanan tipe B

a.      UPTD Pelabuhan Perikanan Tengkayu II Kelas A

b.      UPTD Penerapan Mutu Hasil Perikanan Kelas A

c.      UPTD Perikanan Budiyaya Laut dan Payau Kelas A

17.  Dinas Pariwisata tipe B

18.  Dinas Kehutanan tipe A

a.      UPTD KPH Kabupaten Bulungan Kelas A

b.      UPTD KPH Kota Tarakan Kelas A

c.      UPTD KPH Kabupaten Malinau Kelas A

d.      UPTD KPH Kabupaten Nunukan Kelas A

e.      UPTD KPH Kabupaten Tana Tidung Kelas A

19.  Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral tipe A

20.  Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah tipe A

21.  Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi tipe B

      e.    Badan Daerah, terdiri dari:

           1.    Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Litbang tipe A

           2.    Badan Keuangan dan Aset Daerah tipe B

           3.    Badan Pendapatan Daerah tipe B

a.      UPTD Badan Pengelola Pendapatan Daerah Tanjung Selor Kelas A

b.      UPTD Badan Pengelola Pendapatan Daerah Tarakan Kelas A

c.      UPTD Badan Pengelola Pendapatan Daerah Malinau Kelas A

d.      UPTD Badan Pengelola Pendapatan Daerah Nunukan Kelas A

e.      UPTD Badan Pengelola Pendapatan Daerah Tideng Pale Kelas A

           4.    Badan Kepegawaian Daerah tipe C

           5.    Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia tipe C

           6.    Badan Penanggulangan Bencana Daerah tanpa tipe

           7.    Badan Penghubung tanpa tipe

           8.    Badan Pengelola Perbatasan Daerah tipe A

           9.    Badan Kesatuan Bangsa dan Politik tipe A

      f.      Ketentuan Peralihan terdiri dari:

           1.    Rumah Sakit Umum Daerah Tarakan Kelas B Non Pendidikan

      g.    Staf Ahli, terdiri dari:

           1.    Staf Ahli Bidang Hukum, Kesatuan Bangsa dan Pemerintahan

           2.    Staf Ahli Bidang Ekonomi, Pembangunan dan Hubungan Antar Lembaga

           3.    Staf Ahli Bidang Aparatur, Pelayanan Publik dan Kemasyarakatan